1624 – 1628 die Pfarre blieb zumeist unbesetzt

Viele Pfarreien blieben wegen der Vertreibung der evangelischen Priester und dem Mangel an katholischen Priestern über den Winter 1624/25 unbesetzt. Manche Pfarren waren sogar Jahre lang verwaist.

Der Pfarrhof in Peuerbach wurde bereits im Frühjahr 1625 mit einem katholischen Pfarrer neu besetzt. Das Vorschlagsrecht für einen Pfarrer oder Kaplan stand immer dem Inhaber des Patronatsrechts zu. Dies war meist der Grundherr und/oder der Bischof. In Peuerbach war es der 4. April 1625, als allerdings auf Anordnung des Statthalters Herbersdorf dem S. S. Theologiekandidaten Elias Stumber, ein "frommer und gelehrter" Priester, die Pfarre samt ihren Filialen Natternbach, Michaelnbach und St. Thomas vom Bischof in Passau übergeben wurde. (S.S. = Sacra Scriptura = Heilige Schrift) .      
Große Pfarren hatten mehrere Priester, sodass für jede Filialpfarre auch ein Kaplan als Pfarrvikar zur Verfügung stand. In Michaelnbach gab es einige Versuche Pfarre und Pfarrhof wieder zu besetzen und einen katholischen Schulmeister und Mesner zu finden.        
Die in den Pfarrbüchern am Mittwoch 19. (Bus- u. Bettag) und 26. November 1625 eingetragenen Hochzeiten und die beiden Taufen am 5. April (Palmsonntag) und Mittwoch zw. Kandate und Rogate den 13. Mai 1626 fallen zweifellos in die Amtszeit von Pfarrer Elias Stumber. Das jedoch ein Vikar von 1624 bis 1626 längere Zeit in Michaelnbach anwesend war scheint auf Grund der spärlichen Einträge in den Pfarrmatriken als eher unwahrscheinlich. Die 4 vorhandenen Einträge zeigen immerhin drei unterschiedliche Schriftbilder bzw. Verfasser und die beiden Hochzeiten sprechen für einen zaghaften Versuch einen Vikar in Michaelnbach einzusetzen.

Nach fast einem Jahrhundert protestantischer Herrschaft waren „streng“ katholische Priester, Lehrer und Pfleger kaum zu finden. Die Einsetzung von meist ausländischen katholischen Geistlichen und grobschlächtigen, aber katholische Pflegern erregte nicht nur die Massen sondern auch Statthalter Herbersdorf der von „wällischen ungelehrten Priestern“ sprach die der Reformation nicht dienlich seien. Dazu kam, dass ein Patent von Herbersdorf ab dem 10. Oktober 1625 religiöse Zusammenkünfte und das Lesen von Postillen (Bibeltexten) außerhalb der Kirche verbot. Wer am Sonntag nicht zur Kirche kam war mit Geldbußen zu belegen und das Bekenntnis zum katholischen Glauben ist durch die Osterbeichte zu bestätigen. Falls nicht – wäre das Land zu verlasen.        
Die Taufe am Palmsonntag 1626 hingegen lässt den Rückschluss zu dass ein katholischer Geistlicher anwesend war um von den Pfarrmitgliedern das geforderte Bekenntnis zum katholischen Glauben, durch die Osterbeichte und anschließende Kommunion am Ostersonntag den 12.4.1626 einzuholen. Der Erfolg dürfte sich dabei in Grenzen gehalten haben zumal erst 5 Wochen später von einem anderen Schreiber die 2. und zugleich letzte Taufe vor dem Bürgerkrieg eingetragen wurde.

Aufgebracht wegen dieser Freiheitsberaubung und der ständigen Erniedrigung durch die zwangsweise Katholisierung fand sich am 20. Mai 1626 eine große Zahl Aufständischer vor Peuerbach ein. Pfarrer Stumber versuchte durch Flucht das bairische Innviertel oder Passau zu erreichen. Ob dies gelang ist nicht bekannt, denn eine nicht bestätigte Meldung besagt anderes: Der Pfarrer sei, nachdem er einige Bauern selbst niedergeschlagen habe, von den Bauern erschlagen worden. Sicher ist nur dass er nie mehr zurückkehrte.    
In den gleichen Zeitraum, nämlich Anfang Juni 1626, fällt die Nachricht von der Hinrichtung des Pfarrers von Michaelnbach der auf der Flucht nach Passau in Engelhartszell gefasst und nach Ebelsberg geführt wurde. Es bleibt Spekulation, ob der besagte Pfarrer von Michaelnbach und Pfarrer Elias Stumber ein und dieselbe Person waren, oder ob es sich um einen von Stumber in Michaelnbach eingesetzten Vikar gehandelt hat.

Die Pfarre Michaelnbach blieb dann bis zum Frühling 1628 gänzlich unbesetzt.